Am 27. Februar 1844 trennte sich Santo Domingo von Haiti und wurde unabhängig von der spanischen Kolonialmacht. Das Land welches sich in der Karibik befindet nennt sich fortan Dominikanische Republik.
Juan Pablo Duarte, der zusammen mit Ramón Mella und Francisco Sánchez 1838 die Organisation "La Trinitaria" gründete, die sich für die Unabhängigkeit des Landes von Spanien einsetzte, der aber während der Besetzung seines Landes durch Haiti ins Exil musste, wurde die Präsidentschaft angeboten. Er strebte jedoch freie Wahlen an, wurde aber von Pedro Santana erneut ins Exil gezwungen. Santana wurde erster Präsident und blieb es bis 1861.
Von 1849 bis 1859 wurden in erbitterten Kriegen Rückeroberungsversuche Haitis abgewehrt.
Von 1861 bis 1865 unterstellte Pedro Santana die Republik zur Abwehr neuer haitianischer Angriffe wieder der spanischen Verwaltung. Santana wurde Generalkapitän der wiederum spanischen Provinz Santo Domingo. 1863 begann ein Restaurationskrieg zur Wiedererlangung der Eigenstaatlichkeit.
Am 3. März 1865 kam es zur erneuten Trennung von Spanien und zur endgültigen Restauration der Eigenstaatlichkeit der Dominikanischen Republik. 1871 scheiterte der Versuch, die Republik den Vereinigten Staaten anzuschließen, an einer knappen Abstimmung im US-Kongress. 1874 schloss man einen Friedensvertrag mit Haiti.
Von 1882 bis 1899 herrschte Ulises Heureaux als Diktator über den Staat. 1899 wurde er ermordet. Die Staatsverschuldung hatte zu dieser Zeit schon phantastische Ausmaße erreicht und wuchs noch weiter. Es folgten ruinöse Zustände und zahlreiche Regierungswechsel. 1905 und 1907 kam es schließlich zu Militärinterventionen durch die USA, die sich in einer am 8. Februar 1907 in Santo Domingo unterzeichneten Konvention der Finanzkontrolle des Landes bemächtigten. Diese Kontrolle wurde 1940 aufgehoben